1997–2005 Загальний відділ 1997–2000 Відділ організаційної роботи Колегії 2001–2004 Відділ забезпечення роботи Колегії, з 2004 р. - Управління 2005 Управління організації роботи Колегії 1997 Департамент організації ревізій, перевірок і аудиту 1997 Департамент контролю за використанням державного майна та виконанням загальнодержавних програм 1997 Зведений департамент аналізу бюджетного процесу 1998–1999 Департамент контролю та аналізу бюджетного процесу 2000–2001 Зведений департамент контролю та аналізу бюджетів України 1997 Департамент аналізу видатків бюджету 1997 Департамент аналізу і контролю доходів бюджету 1998–1999 Департамент контролю і аналізу видатків бюджету 2000–2001 Зведений департамент контролю та аналізу бюджетів України 1997–1998 Відділ науково-методичного забезпечення та зовнішніх зв'язків з контрольними органами 1998–1999 Департамент контролю видатків на державне управління та національну безпеку 2000–2003, 2005 Департамент контролю видатків на судову владу, оборону, правоохоронну діяльність та безпеку держави 2004 Департамент з питань безпеки держави 1998–1999 Департамент контролю видатків на економічну діяльність держави 2000–2003Департамент контролю видатків на аграрно-промисловий комплекс та виробничу інфраструктуру 2004–2005 Департамент з питань аграрно-промислового комплексу, природних ресурсів та охорони навколишнього природного середовища 1998, 2000–2003 Департамент контролю використання коштів державних цільових та позабюджетних фондів 1999 Департамент використання коштів Пенсійного фонду, державних цільових бюджетних та позабюджетних фондів 2005 Департамент з питань виробничої інфраструктури інноваційної діяльності та державної власності 1998 Департамент контролю видатків соціального спрямування 1999 Департамент контролю видатків соцсферу 2000–2003 Департамент контролю видатків соцсферу та науку 2004–2005 Департамент з питань науки та гуманітарної сфери 1998–1999 Департамент контролю банківських та міждержавних фінансово-еко- номічних операцій 2000–2003 Департамент контролю державного боргу та діяльності банківських установ 2004 Департамент контролю державного боргу міжнародної діяльності та банківських установ 2005 Департамент контролю державного боргу міжнародної діяльності та фінансових установ 1999–2003 Департамент контролю видатків на промисловість та енергетику 2004 Департамент з питань промисловості та виробничої інфраструктури 2005 Департамент з питань паливно-енергетичного комплексу та промисловості 1999–2004 Відділ зв'язків з громадськістю та міжнародного співробітництва 2001–2005 Департамент контролю за використанням коштів державного бюджету в регіонах 2001–2005 Відділ зв'язків з громадськістю та міжнародного співробітництва, з 2003 р.-Управління 1997 Управління фінансування і бухгалтерського обліку 2002–2003 Відділ бухгалтерського обліку і фінансування 1999, 2002–2003 Управління бухгалтерського обліку і фінансового забезпечення 2004–2005 Фінансове управління 1997 Відділ кадрів